Kegiatan Penelitian Arkelogi Terpadu Indonesia yang kedua (PATI II) dilaksanakan pada tanggal 16 September hingga tanggal 29 September 2012 di Trowulan, Jawa Timur. Penelitian ini merupakan lanjutan dari PATI I (2008) yang dikoordinasikan oleh FIB UI. Kedua penelitian ini merupakan kegiatan yang diikuti oleh empat Universitas terkemuka yang memiliki Program Studi Arkeologi, yaitu Universitas Gadjah Mada (UGM), Universitas Hasanuddin (UNHAS), Universitas Indonesia (UI) dan Universitas Udayana (UNUD).
Adapun tema PATI II adalah Air dan Kosmologi di Situs Majapahit. Untuk mengungkap permasalahan penelitian, ekskavasi dilakukan pada 5 situs, yaitu Situs Nglinuk, Situs Segaran, Situs Sumur Upas, Situs Paras Kanal Lantai Segi enam dan Situs Cancangan Gajah. Hasil penelitian memperlihatkan bahwa di situs yang diduga bekas kraton, yaitu memiliki pengaturan distribusi air yang terstruktur, yaitu dari pusat keraton yang letaknya paling tinggi ke luar kraton yang merupakan permukiman masyarakat biasa. Konsep air pada masyarakat Majapahit yang berlatar agama Hindu sangatlah penting karena raja dianggap sebagai perwakilan dewata, sehingga air “bekas” raja adalah air yang telah disucikan dan memiliki manfaat bagi kehidupan.
Kegiatan PATI II didukung oleh 80 orang mahasiswa dan 20 orang dosen serta melibatkan 20 siswa SMKN 1 Trowulan dan 1 orang guru. Pelibatan masyarakat pada PATI II adalah suatu bentuk Arkeologi Publik yang belum pernah dilakukan oleh penelitian arkeologi di Indonesia selama ini. Dalam kegiatan ini masyarakat setempat diberikan akses terhadap kegiatan penelitian dan ikut terlibat di dalamnya.
